واستندت المحكمة فى حيثيات حكمها إلى أن "قرار رئيس الجمهورية الصادر فى 28 مارس 2016، صدر فى إطار اختصاص الرئيس بتعيين الموظفين فى الدولة، ومنهم رؤساء الهيئات الرقابية، وذلك باعتباره سلطة إدارية وليست سلطة حكم، فمنصب رئيس الجهاز المركزى للمحاسبات ليس منصبا وزاريا، فهو ليس من ضمن تشكيل الوزارة، ولا يؤدى يمينا عند توليه منصبه، ولا يحضر اجتماعاتها، ولا يخضع لرئاسة رئيس الوزراء، إنما هو موظف مدنى ومنصبه إدارى بحت وليس منصبا وزاريا أو سياسيا، ومن ثم فإن القرار المطعون فيه ليس عملا سياسيا، إنما هو قرار إدارى يقع ضمن اختصاص القضاء الإدارى، ويخرج من تحديات أعمال السيادة".
وقالت المحكمة إنه تبين لها أنه بتاريخ 6 سبتمبر 2012، صدر قرار تعيين هشام جنينة رئيسا للجهاز المركزى للمحاسبات، وذلك لمدة 4 سنوات، اعتبارا من 6 سبتمبر 2012، وبتاريخ 28 مارس 2016 أصدر رئيس الجمهورية قرارا بإعفاء جنينة من منصبه كرئيس للجهاز المركزى للمحاسبات، وانتهت مدة الأربع سنوات، من 6 سبتمبر 2016 ومن ثم فلا جدوى من الاستمرار فى نظر الدعوى لتغيير المركز القانونى للمدعى بانتهاء مدة شغله للوظيفة، الأمر الذى تقضى معه المحكمة بعدم قبول الدعوى لزوال شرط المصلحة.
